На ряду с развитием древнего учения Зороастра, маздеизма, сделавшегося при сасанидах государственной религией Персии, здесь, еще до нашей эры, под влиянием китайцев и вследствие слабой связи с Ираном, стал распространяться буддизм, получивший с течением времени большое развитие.

В Балхе и в областях по обоим берегам верхнего течения Амударьи буддизм до самого нашествия арабов был, по-видимому, местами господствующей религией.  Буддийские монастыри и храмы были здесь весьма многочисленны, а число живущих в них монахов достигало многих тысяч. В Балхе, где, по одному из существующих мнений, много веков тому назад было впервые признано учение Зороастра, в VII века, когда его посетил известный буддийский паломник Сюань-цзан, насчитывалось до 100 буддийских монастырей и до 3000 монахов.

При разорении арабами Бейкенда, Бухары и Самарканда было найдено множество идолов, некоторые из которых были из чистого золота с драгоценными жемчужинами вместо глаз. Кроме религии Зороастра и буддизма, в Туркестане существовало также и манихейство, возникшее на почве маздеизма в Месопотамии около половины III века и впоследствии распространившееся в Персии и Восточном Туркестане.  В эпоху Сюань-цзана тюркское население страны, расположенной между, Чу и Амударьей, придерживалось вероятно главным образом этого учения.

Наконец, в IV веке, с началом массового движения христиан на восток, в Средней Азии  получило значительное распространение и христианство ( несториане). Уже в 334 году в Мерве, а позже и в Самарканде, были христианские епископы,  а в 420 году мервская епископия была возведена в митрополию, что указывает на многочисленность христиан в районе этого города. Некоторые мервские епископы VI и VII веков известны как авторы многих  богословских и других сочинений.

Нашествие арабов застало христиан в Бухаре, а несколько позже христианство распространилось и далее на северо – восток среди различных тюрских народов, обитавших в северному Туркестане. Впоследствии, как  показывают памятники найденные в Семиречье,  христианство получило большое развитие именно в этом район и по-видимому лишь в XIV веке должно было окончательно уступить место исламу.